Los problemas que se estaban encontrando en el desarrollo del motor RD-109, ideado para impulsar la etapa superior del cohete 8K73 (diseñado a su vez para sondas lunares más pesadas que las E-1), hicieron que Koroliov revisara el calendario de estas últimas en julio de 1958. Ante la no disponibilidad a corto plazo del 8K73, las sondas E-2 tendrían que ser modificadas. De hecho, fueron canceladas y sustituidas por las E-2A (con cámaras Yenisey-2).
Por su parte, las E-4, que habrían hecho explotar una bomba nuclear sobre la Luna, también desaparecieron del programa. En noviembre de 1958, el centro de diseño NII-380, que había continuado trabajando en un modelo más avanzado de cámaras (Yenisey-3), propició la aparición de una versión suplementaria: la E-2F.
Un año después, la primera E-2A estuvo lista para el despegue. Su objetivo sería la observación de la cara oculta de nuestro satélite, una vista que jamás ojos humanos habían podido contemplar dado que el satélite da un giro sobre sí mismo en el mismo tiempo que tarda en dar una vuelta alrededor de la Tierra.
El vuelo de la E-2A sería complejo. Los soviéticos no estaban aún preparados para colocar una sonda en órbita lunar, de modo que Koroliov optó por algo más sencillo y seguro a la vez. Para conseguir fotografiar parte de la cara oculta, colocaría la sonda en una órbita que hoy llamamos baricéntrica. La física postula que no es exacto aseverar que la Luna gira alrededor de la Tierra. Lo que realmente ocurre es que el sistema Tierra-Luna, considerado como un todo, gira alrededor de un centro de gravedad común. Dada la gran diferencia de masa entre nuestro planeta y su satélite natural, este centro gravitatorio se halla muy cerca del centro de la Tierra, dando la impresión lógica de que es la Luna quien gira únicamente alrededor de ella. Pero el centro de gravedad del sistema Tierra-Luna existe y puede colocarse a un objeto orbitándolo. La primera E-2A sería pues situada en una órbita de ese tipo, de tal forma que, tras rodear la Luna, volvería atrás para alcanzar de nuevo las cercanías de la Tierra, en una maniobra que, vista desde nuestro planeta, se asemejaría a una especie de “S”.
La sonda E-2A contenía el primer sistema de orientación instalado en un satélite soviético, indispensable para su gran objetivo: fotografiar la superficie lunar. Un objetivo nada fácil, ya que para su viabilidad era preciso tener en cuenta factores tales como la iluminación solar, que reducía las oportunidades de lanzamiento. Teniendo en cuenta esto, en enero de 1959 Keldysh dio a conocer un informe en el que se listaban dos únicas oportunidades útiles a corto plazo (octubre de 1959 y abril de 1960). En el primer caso, la sonda fotografiaría la Luna después de la máxima aproximación, y en el segundo caso, antes.
Algo menos pesado que sus antecesores, 278,5 Kg, el vehículo E-2A se hallaba a pesar de todo equipado con numeroso material científico. Destacaba, por supuesto, la cámara fotográfica, que realizaría unas treinta tomas de la cara oculta de la Luna. Exteriormente, la sonda poseía un aspecto muy semejante al Luna-2, aunque estaba equipada con células solares y el cuerpo central había sido alargado para dar cabida a todo el equipo. En su parte delantera, además de cuatro antenas, destacaba el orificio protegido a través del cual funcionaría la cámara fotográfica. Detrás, dos antenas más sobresalían claramente del cuerpo principal. Otras protuberancias indicaban la existencia de diverso equipo, incluido el sistema de orientación por chorros de gas que redirigiría la nave después de cada fotografía. La superficie de la sonda estaba recubierta por bandas laterales formadas por células solares, pantallas térmicas o reguladores de control de temperatura.
Por bloques, el más importante era, sin duda, el sistema fotográfico integral. Consistía en una cámara que, merced a un complicado sistema de orientación, sería constantemente redirigida hacia la Luna. Mientras la maquinaria fotográfica se hallase en funcionamiento, la rotación natural de la sonda cesaría para poder apuntar adecuadamente y con una mayor precisión. Finalizada la sesión, volvería a rotar sobre su eje para facilitar la regulación térmica. La nave poseía un primitivo pero eficaz sistema de comunicaciones que permitiría la retransmisión a la Tierra de las fotografías, así como de otras informaciones científicas o telemétricas. Los instrumentos se hallaban alimentados tanto por baterías químicas como por otras que se recargaban constantemente gracias a las células solares que rodeaban la nave.
Con un diámetro de 120 cm y una longitud de 130 cm, excluyendo las antenas, la zona presurizada del E-2A albergaba las cámaras, los detectores de radiación cósmica y de micrometeoritos, magnetómetros y demás instrumentos.
La sonda fue lanzada con éxito desde Baikonur el 4 de octubre de 1959. Al principio, los técnicos detectaron un sobrecalentamiento de los sistemas, que pudo ser corregido, pero las comunicaciones se mostraron intermitentes. La sonda realizó su máximo acercamiento a su meta (7.900 Km, sobre el polo sur lunar) el 10 de octubre de 1959. Mientras la nave se movía en su trayectoria alrededor de la Luna, ya de regreso hacia la Tierra, el complicado sistema fotográfico inició la toma de las primeras fotos de su cara oculta. A 65.000 Km de distancia, se eliminó el giro estabilizador de la nave para permitir hacer las fotografías, mientras que un par de sensores localizaban el Sol y la posición de la Luna.